PDB Python - Search localsearch

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https://www.zhihu.com/question/479566187

在对PDB（.pdb）文件进行操作时，有时仅需要保留蛋白链、核酸链、配体、或者水。除了直接在文本文档格式下或者coot中对PDB文件中其他信息进行删除，还可以通过命令行的形式来提取，这种方法简便且不改变原PDB文件，避免出现误操作的情况。

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https://www.zhihu.com/question/450671075

问题不清楚：我理解你的问题是 1）我想知道一个蛋白质的空间结构，想查查pdb，但是不知道编号。这个好办，不需要知道 pdb编号。直接查蛋白质的名字，其他通用的ID就行了。一个蛋白质，视重要程度和实验难度，可能有从几个到上千又或者根本没有结构信息，所以蛋白质和pdb是一对多的关系 ...

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https://www.zhihu.com/question/373830657

PDB门口的显示屏，摄于2019年从左上角的世界地图可以看出，网站的访客遍布全世界。右侧罗列了访问最多的十个的美国城市（第一名是纽约）和访问最多的十个非美国城市（第一名是佛山）。下方的EMD-9987，则是该网站最近发布的结构。

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https://www.zhihu.com/question/322816025/answers/u…

pdb格式图片取自：pdbintro 其次，我们需要知道Pymol中显示颜色的方式。Pymol有各种显示颜色的方案，我们这次会利用其能够根据b-factor上色的功能。 Pymol操作为：color选项 >> spectrum >> b-factors 我们第一步要生成一个9x9x9的格子。

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https://www.zhihu.com/question/389692135

将蛋白质pdb与适配体pdb 对接时会出现报错，提示蛋白质pdb有问题，我是在RCSB网站下载的蛋白pdb，是需要进行什么处理，才能在用于对接的时候不报错吗？

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https://www.zhihu.com/question/322816025

pymol如何保存成pdb格式? 我用pymol 处理多肽后不知道怎样保存为pdb了显示全部关注者 12 被浏览

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https://www.zhihu.com/question/29367835

有谁在RCSB PDB网站下载过蛋白质的pdb文件？怎样从这个网站中下载到某一聚合物中某一个组成部分的pdb文件？例如由actin何frofilin两种蛋白质通过binding 形成complex,能不能找到complex中actin的pdb文件关注者 10

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https://www.zhihu.com/question/505676384

在最基本的层面上， PDB 文件是原子和笛卡尔 (XYZ) 坐标的列表。相同的格式可用于表示任何物理对象。包含其他信息以提供有关原子的更多详细信息，以及将原子构建成氨基酸、将氨基酸（残基）构建成蛋白质以及将蛋白质构建成大分子。跳过第一列，第二列是顺序原子数。接下来，是原子符号 ...

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https://www.zhihu.com/question/662271542?write

5. 恢复原位或重置视图： - 如果你想要恢复分子到原来的位置，可以重新加载原始的PDB文件，或者使用`zoom`命令重置视图回到初始状态： ``` zoom all ``` 另外，你也可以使用`transform`命令来精确地移动分子，这允许你指定平移和旋转的具体参数。

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https://www.zhihu.com/zvideo/1413524808051511296

从 Alphafold 蛋白质结构数据库下载 PDB文件发布于 2021-10-29 04:01 ・ 7765 次播放欢迎参与讨论迟s煜